逊色于总督，因为总督的权力，其实只限于马尼拉城及其周边地区，而吕宋基层的部落村社，几乎全都被教会控制，教会指派到部落衬社的牧师，实际就是基层的民政官员，拥有对土著进行收税，审判，处罚，行刑等权力。因此历任的菲律宾总督和大主教之间，都有很大的矛盾，当然在对外方面，两者还是能够基本保持一致的。

    这一次来说，进攻南京商馆的大目标，双方是一致的，但查孔从军事角度出发，认为应该先弄清楚敌人的人数，实力目地，然后再发动进攻。但大主教却认为，这样太耽误时间，被异教主抓走的主的忠实仆从会有危险，应该立刻出兵，对异教徒发动进攻，解救主的忠实仆从。至于敌军的情况，完全可以无视，因为在主的光泽指引下，异教徒是注定要失败的。